Нижняя Тунгуска относится к числу рек трудных для судоходства. Навигация большегрузных судов на Нижней Тунгуске осуществляется в период весеннего паводка: конец мая — середина июня. В отдельные годы, при наличии обильных атмосферных осадков, возможен период кратковременной навигации в конце лета — начале осени.